Punkce pupečníku (kordocentéza) se provádí relativně později – obecně od 23. gestačního týdne. Tato metoda je dnes využívána méně. Používá se zejména u žen, u kterých je podezření na aloimunizaci plodu (tj. matka s krevní skupinou Rh-, plod s krevní skupinou Rh +) nebo infekci plodu způsobenou zejména Parvovirem B19. Oba případy mohou způsobit anémii plodu, která v závažných případech je potřeba léčit intrauterinně podáním transfuze při punkci pupečníku.
Vzhledem k vyššímu riziku této metody je dnes již raritně využívána ke karyotypizaci - ke zjištění některých poruch metabolismu a infekce plodu.
Princip vyšetření je velmi podobný jak odběru plodové vody, tak i choriových klků - ambulantně, pod ultrazvukovou kontrolou. Při tomto odběru se ale proniká do pupečníku plodu, odkud je nasáto malé množství krve k vyšetření a provedení transfuze, je-li potřeba.
Toto invazivní vyšetření je spojeno s asi 1-2% rizikem možných komplikací, které mohou někdy skončit i samovolným potratem. Proto je nutné tento postup pečlivé zvážit ze strany lékaře i rodičů.
